Por la categoría excepcional de este templo, en el interior de la Catedral, en las columnas que conforman la nave lateral sur, que colinda al pasaje, se encuentran enterrados los primeros obispos de Cochabamba, entre ellos el primer Obispo de Cochabamba, monseñor José María Y. de Montenegro fallecido el 24 noviembre de 1854; el tercer obispo monseñor Francisco María del Granado fallecido el 25 de septiembre de 1895; El deán y obispo electo monseñor Ángel María Zeballos, fallecido el 10 de marzo de 1896; Conservado en una urna de cristal el monseñor Jacinto Anaya, cuarto Obispo de Cochabamba, fallecido el 15 de diciembre de 1915 y el deán del coro catedralicio monseñor Aniceto Alba V. quien fue el que construyó las naves laterales a principios del siglo XX, fallecido el 28 de julio de 1918. 

Además existe una cripta para enterratorios debajo del altar mayor, donde por un tiempo estuvieron en resguardo los restos del héroe don Esteban Arze, enterrado inicialmente después de su fallecimiento, el 24 de febrero de 1815, en el templo parroquial del pueblo de Santa Ana de Yacuma – Beni, “en el costado izquierdo, junto al horcón o primer pilar del altar de la Virgen”. Luego, en el año 1947 fue trasladado a la ciudad de Cochabamba. Así, en la Catedral de manera excepcional se encuentran inhumados estos personajes de la historia civil y eclesiástica cochabambina.